6歳から18歳未満で、
肥満度が＋20％以上、かつ体脂肪率が男の子で２５％以上、女の子で10歳までは３０％以上、11歳以上は３５％以上の場合であり、
高血圧、睡眠時無呼吸症候群、２型糖尿病または耐糖能障害、内臓脂肪型肥満、早期動脈硬化症のうち一つがあるか、
または、肥満度＋５０％以上かつ、非アルコール性脂肪性肝疾患、高インスリン血症（１５μU/mL)、高コレステロール血症（総コレステロール220mg/dL以上またはnon HDL-コレステロール150mg/dL以上）、高中性脂肪血症（空腹時120mg/dL以上）または低HDL-コレステロール血症（40mg/dL未満）、高尿酸血症（小学生・中学生女子>６．０g/dL、中学生男子・高校生>7.0g/dL) のうち一つがあるか、
または、これらが二つ以上ある場合
に、小児肥満症と診断される。
皮膚線条、肥満に起因する運動器機能障害、月経異常（続発性無月経が1年6ヶ月以上）、肥満に起因する不登校・いじめ、低出生体重児(2500g未満）または巨大児（4000g以上） も診断条件に加味されることがある。